Berbagai fasilitas olah raga tersedia bagi mahasiswa, staf sehingga memungkinkan mereka untuk melakukan eksplorasi terhadap minat dan bakat dalam bidang olah raga. Kegiatan olah raga di UAJY dikoordinasikan dalam Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM olah raga) untuk mahasiswa dan Badan Koordinasi Olah Raga Dan Kesenian (BKORK) untuk Pegawai Atma Jaya.

Fasilitas olah raga yang tersedia adalah fasilitas in-door yang terdapat di Kampus I Alfonsus Mrican.