Campus Ministry adalah unit organisasi yang mempunyai tugas membantu UAJY untuk mengolah dan mengembangkan nilai-nilai kebenaran yang terdapat dalam seluruh kehidupan UAJY, sehingga UAJY semakin menjadi komunitas yang mampu mengintegrasikan iman dalam lingkungan akademik. Campus Ministry memiliki program kegiatan :

1. Pengembangan Intelektualitas : Program yang ditujukan untuk memperdalam dan memperluas pemahaman tentang tema-tema iman dan moral seluruh komunitas UAJY melalui kegiatan-kegiatan :
   • Kajian ilmiah nilai-nilai kebenaran
   • Sarasehan/Seminar tentang isu-isu aktual
   • Kursus-kursus Teologi, Moral, Spiritualitas
   • Dialog Antar Kelompok Masyarakat Multi Religius
2. Pengembangan Spiritualitas dan Kepribadian : Program yang ditujukan untuk membina dan mengolah kepribadian dan spiritualitas seluruh komunitas UAJY melalui kegiatan-kegiatan :
   • Rekoleksi, retret, ziarah, multicultural camping, pendalaman iman
   • Latihan Dasar Pengembangan Kepribadian Mahasiswa (LDPKM)
   • Bimbingan/Konseling
   • Leadership Training for Students (LTS)
   • Mendukung pelaksanaan retret/rekoleksi pimpinan universitas
3. Pengembangan Religiusitas : Program yang ditujukan untuk menyegarkan kehidupan rohani seluruh komunitas melalui kegiatan-kegiatan :
   • Perayaan Ekaristi : Natal, Paskah, Jumat Pertama, awal dan akhir semester
   • Pelbagai kegiatan agama
4. Pengembangan Solidaritas :
   • Kunjungan/Pendampingan masyarakat tertinggal
   • Kunjungan keluarga karyawan UAJY
   • Kunjungan ke asrama-asrama/pondokan mahasiswa
   • Kerjasama dengan lembaga gereja dan lembaga lain dalam menanggapi masalah-masalah spritualitas masyarakat

Dalam melaksanakan misinya, Campus Ministry bekerjasama dalam tim (team work) sehingga dapat berperan sebagai :

1. Fasilitator : memfasilitasi kegiatan-kegiatan yang dilaksanakan unit-unit di lingkungan UAJY.
2. Motivator : memotivasi unti-unit untuk menyelenggarakan kegiatan yang dibutuhkan.
3. Operator : merencanakan dan melaksanakan kegiatan-kegiatan terprogram Campus Ministry, mendampingi dan mengkoordinasikan aneka komunitas yang ada di universitas seperti : Leaders Community (LC), Missio Dei, Kamadhis, PMK Oikumene, Melisia Christi, Mahatma, JOY Fellowship, Sant’s Egidio, Forkomi, Komunitas Tri Tunggal (KTM).