Unit Pelaksana Akademik
- Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat
Pelaksana Administrasi
- Kantor Sumber Daya Manusia
- Kantor Admisi Akademik
Penunjang Akademik
- Perpustakaan
- Kantor Pengembangan dan Peningkatan Mutu Akademik
- Kantor Pelatihan Bahasa dan Budaya
- Unit MPK
Penunjang Universitas
- Kantor Humas, Sekretariat, dan Protokol
- Kantor Sistem Informasi
- Kantor Alumni dan Campus Ministry
Universitas Atma Jaya Yogyakarta (UAJY) adalah lembaga pendidikan tinggi swasta yang didirikan oleh kaum awam Katolik dan dikelola oleh Yayasan Slamet Rijadi - Yogyakarta, di bawah lindungan Santo Albertus Magnus. Universitas Atma Jaya Yogyakarta lahir pada tanggal 27 September 1965, dengan tujuan untuk ikut serta mencerdaskan kehidupan bangsa melalui pendidikan yang berdimensi serta berorientasi global.
