Unit Pelaksana Akademik
- Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat
Pelaksana Administrasi
- Biro Administrasi Umum
- Biro Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan
Penunjang Akademik
- Perpustakaan
- Kantor Pengembangan dan Peningkatan Mutu Akademik
- Kantor Pelatihan Bahasa dan Budaya
- Unit MPK
Penunjang Universitas
- Kantor Admisi
- Kantor Humas, Sekretariat, dan Protokol
- Pusat Pengembangan Institusi
- Kantor Sistem Informasi
- Campus Ministry
Universitas Atma Jaya Yogyakarta (UAJY) adalah lembaga pendidikan tinggi swasta yang didirikan oleh kaum awam Katolik dan dikelola oleh Yayasan Slamet Rijadi - Yogyakarta, di bawah lindungan Santo Albertus Magnus. Universitas Atma Jaya Yogyakarta lahir pada tanggal 27 September 1965, dengan tujuan untuk ikut serta mencerdaskan kehidupan bangsa melalui pendidikan yang berdimensi serta berorientasi global.
